2004年,本中心在台大生物資源與農學院的推動下成立,並由石正人教授擔任主任至2012年。
前任諮詢委員會成員有郭城孟教授、蔡博文教授、陳亮全教授、鄭麗珍教授、黃正誼教授、詹長權教授、陳妙芬教授、項潔教授、陳雪華教授、謝銘洋教授。
中心歷年執行計劃:
委託單位 計畫名稱 起迄日期
行政院原住民族委員會 原住民族生物多樣性傳統知識保護四年(98~101)實施 計畫()101年度執行計畫  102/02/07~103/02/06
行政院原住民族委員會 委託學者專家研訂原住民保留地山林守護中長程五年(102-106)實施計畫(草案)勞務採購 101/05/24~101/07/22
行政院原住民族委員會 原住民族生物多樣性傳統知識保護四年(98~101)實施 計畫()100年度執行計畫 101/01/01~101/12/31
行政院原住民族委員會 原住民族生物多樣性傳統知識保護四年(98-101)實施計畫()99年執行計畫 99/12/24~100/12/24
行政院原住民族委員會 原住民族生物多樣性傳統之事保護四年(98-101)實施計畫()98年執行計畫 98/12/31~ 99/12/30
行政院原住民族委員會 原住民族地區資源共同管理會原住民族代表遴選作業要點 98/10/20~ 98/12/20
行政院原住民族委員會 2009年原住民族教育學術研討會-教育文化與人才培育 98/08/01~ 98/12/31
教育部 2009年原住民族教育學術研討會-教育文化與人才培育 98/08/01~ 98/12/31
行政院原住民族委員會 編撰台灣原住民族生物學誌四年計畫()97年度執行計畫 97/07/01~ 98/08/31
政院原住民族委員會 97年度原住民族部落產業發展計畫 97/03/01~ 97/12/31
行政院原住民族委員會 編撰「原住民族地區資源共同管理辦法問與答」手冊 97/02/20~ 97/04/10
行政院原住民族委員會 原住民族農林技術專業人才短期培訓計畫 96/09/03~ 96/12/31
行政院原住民族委員會 原住民部落保育公約與部落保育事業計畫 96/07/30~ 96/09/30
行政院原住民族委員會 96年度原住民族部落產業發展計畫整合行銷計畫 96/07/10~ 96/12/10
行政院原住民族委員會 研提「原住民族傳統生物多樣性知識保護法」草案 96/07/04~ 96/12/25
行政院原住民族委員會 編撰臺灣原住民族生物學誌四年中程計畫()96年度執行計畫 96/07/01~ 97/06/30
行政院原住民族委員會 增修訂「原住民族傳統生物多樣性知識保護法」草案 95/10/04~ 96/03/31
行政院原住民族委員會 編撰台灣原住民族生物學誌四年計畫()95年度執行計畫 95/07/01~ 96/06/30
行政院原住民族委員會 原住民族傳統領域土地部落保育公約暨部落保育事業計畫之訂定程序與內容辦法草案 95/04/26~ 95/06/30